烯丙基三甲基氯化铵和十二烷基三甲基氯化铵是两种常用的季铵盐类化合物。它们在化学结构上存在着显著的区别，因此它们的化学性质和应用领域也有着很大的不同。

首先，烯丙基三甲基氯化铵的化学结构中含有一个烯丙基基团，而十二烷基三甲基氯化铵的化学结构中则含有一个十二烷基基团。这两个基团的化学性质和空间结构都有着很大的不同，因此它们对于化合物的性质和用途都有着很大的影响。

其次，烯丙基三甲基氯化铵具有较好的亲水性和表面活性，因此常常被用作表面活性剂、乳化剂和分散剂等。而十二烷基三甲基氯化铵则具有较强的脂溶性和抗菌性能，因此常被用作杀菌剂、防腐剂和柔软剂等。两者的应用领域有很大的差别。

此外，这两种化合物的毒性和环境影响也有所不同。烯丙基三甲基氯化铵的毒性较小，环境影响也较小，因此在实际应用中更为广泛。而十二烷基三甲基氯化铵则存在着一定的环境污染和毒性风险，因此需要谨慎使用和处理。

综上所述，烯丙基三甲基氯化铵和十二烷基三甲基氯化铵虽然都属于季铵盐类化合物，但由于其化学结构、性质和应用领域的不同，它们在实际应用中需要根据具体情况进行选择和使用。