亚甲基蓝和三水亚甲基蓝是两种广泛应用于医学和生化实验中的染色剂。它们的分子结构非常相似，都含有一个亚甲基蓝分子和一个或多个水分子。但是它们在染色方面的应用和性质上有所不同。

亚甲基蓝是一种有机染料，可以与DNA和RNA等核酸结合，从而被广泛用于细胞和分子生物学实验中。它的分子结构中含有一个亚甲基蓝分子和一个水分子，因此也称为单水亚甲基蓝。亚甲基蓝的染色效果强，可以使细胞和核酸呈现出深蓝色或紫色。因此，它被广泛应用于核酸凝胶电泳、细胞染色和组织切片染色等实验中。

三水亚甲基蓝是亚甲基蓝的水合物，它的分子结构中含有一个亚甲基蓝分子和三个水分子。与亚甲基蓝相比，三水亚甲基蓝的溶解度更高，染色效果更加均匀。它被广泛应用于生物化学实验中，如蛋白质凝胶电泳、蛋白质染色和蛋白质定量等方面。三水亚甲基蓝在电泳分离中也有很好的效果，它可以与蛋白质结合形成复合物，从而使蛋白质呈现出深蓝色或紫色。

总之，亚甲基蓝和三水亚甲基蓝在生物化学和分子生物学实验中有广泛应用。它们的染色效果强，能够使样品呈现出深蓝色或紫色，从而方便研究者对样品进行观察和分析。但是在使用时需要注意它们的毒性和环保问题，避免对人体和环境造成不良影响。