苹果酸和柠檬酸都是常见的有机酸，但它们在化学结构和性质上有所不同。

首先，苹果酸是一种二羧酸，分子式为C4H6O6，分子量为146.1。它是一种无色结晶性固体，在水中溶解度较好。苹果酸是苹果、梨、柿子等水果中的一种主要有机酸，也常用于食品添加剂和制药工业中。

相比之下，柠檬酸是一种三羧酸，分子式为C6H8O7，分子量为192.1。它是一种白色晶体，在水中溶解度也很好。柠檬酸广泛存在于柠檬、橙子、柚子等柑橘类水果中，也是食品和饮料工业中常用的酸味剂和防腐剂。

在化学性质上，苹果酸和柠檬酸也有所不同。苹果酸的酸性较强，pKa为3.8，它可以和碱反应生成苹果酸盐。而柠檬酸则酸性相对较弱，pKa为3.1，它的盐也比苹果酸盐更容易水解。

另外，苹果酸和柠檬酸在食品加工中也有不同的应用。苹果酸常用于腌制食品、制作果酱等，而柠檬酸则常用于制作柠檬水、碳酸饮料等。

综上所述，虽然苹果酸和柠檬酸都是常见的有机酸，但它们在化学结构、性质和应用中都有所不同。在食品加工和制药工业中的使用也需要根据具体情况进行选择。