乙醚和甲基叔丁基醚是两种不同的有机化合物，它们在化学结构和性质上有一些明显的区别。

首先，乙醚的化学式为C2H5OC2H5，也称为二甲醚。它是一种无色、易挥发的液体，常用作麻醉剂和溶剂。乙醚的分子中包含两个乙基基团，这两个基团通过一个氧原子连接在一起。乙醚的分子中没有其他官能团，因此它属于简单的醚类化合物。

而甲基叔丁基醚的化学式为C11H24O，它是一种无色、易挥发的液体，常用作溶剂和清洗剂。甲基叔丁基醚的分子中包含一个甲基基团和一个叔丁基基团，这两个基团通过一个氧原子连接在一起。甲基叔丁基醚的分子中含有一个氧原子和一个叔丁基基团，因此它属于叔醚类化合物。

另外，乙醚和甲基叔丁基醚的物理性质也有所不同。乙醚的沸点为34.6℃，密度为0.736 g/mL，可溶于水和大多数有机溶剂。甲基叔丁基醚的沸点为159℃，密度为0.81 g/mL，也可溶于水和大多数有机溶剂。

总的来说，乙醚和甲基叔丁基醚的化学结构和性质有很大差异，它们在应用和用途上也有所区别。因此，在使用这些化合物时，需要根据具体情况选择合适的化合物。