亚甲蓝和亚甲基蓝是两种不同的化学物质，它们的分子结构和化学性质稍有不同。

首先，亚甲蓝是一种有机染料，化学名称为亚甲基苯基三氮唑。它通常呈现为暗蓝色的粉末状物质，可溶于水和乙醇，在酸性条件下颜色会变淡。亚甲蓝可以用于染色、生物标记、电化学分析等领域。

而亚甲基蓝则是一种有机化合物，化学名称为3,7-二甲基苯基-1,5-二氮杂环辅基蓝。它的分子结构与亚甲蓝有所不同，但也是一种暗蓝色的染料，可用于染色、生物标记、细胞培养等领域。亚甲基蓝的溶解性较亚甲蓝差，需要使用强酸或有机溶剂进行溶解。

虽然亚甲蓝和亚甲基蓝都是暗蓝色的有机染料，但它们的化学结构和性质略有不同。因此，在使用时需要根据具体的需要选择合适的染料。