亚甲蓝和亚甲基蓝是两种常见的染料，它们在化学结构上非常相似，但并不完全相同。

亚甲蓝的化学名称是亚甲基蓝，化学式为C16H18N3SCl，它是一种有机染料，常用于生物学和医学实验中作为细胞核染色剂。亚甲蓝是一种暗蓝色粉末，易溶于水，具有良好的染色效果和稳定性。它还可以用于水质检测、纸张染色和皮革染色等领域。

而亚甲基蓝的化学名称为3,7-二甲基-9-苯基氨基-亚甲基-2-甲基亚硝基苯并[1,3]噻二唑-5-硫酸钠，化学式为C37H27N3Na2O9S3，是一种有机合成染料。亚甲基蓝是一种暗绿色粉末，易溶于水，具有良好的染色效果和稳定性。它主要用于组织学研究、细胞分析和生化实验等领域。

虽然亚甲蓝和亚甲基蓝在化学结构上略有不同，但它们的染色效果和稳定性都很好，常用于生命科学和医学实验中。同时，它们的用途也有所不同，亚甲蓝主要用于细胞核染色和水质检测等领域，而亚甲基蓝则主要用于组织学研究和生化实验等领域。因此，在实际应用中，需要根据具体的实验目的来选择合适的染料。