亚甲蓝和甲基蓝是两种常见的染料，它们在实际应用中具有很大的相似性，但是它们并不完全相同。

首先，亚甲蓝和甲基蓝在化学结构上有所不同。亚甲蓝的化学式为C16H18N3SCl，而甲基蓝的化学式为C17H19N3SCl。可以看到，两者的分子式不同，因此它们的化学性质也会有差异。

其次，亚甲蓝和甲基蓝在染色效果上也有所不同。亚甲蓝是一种蓝色染料，用于染色时可以产生深蓝色的效果。而甲基蓝也是一种蓝色染料，但是其染色效果并不如亚甲蓝那么深，通常产生的是浅蓝色或淡紫色。

此外，在应用领域上，亚甲蓝和甲基蓝也有所不同。亚甲蓝通常用于生物学实验中染色质体或细胞核，而甲基蓝则更多地用于染色细菌或真菌。

综上所述，虽然亚甲蓝和甲基蓝在染色颜色上有相似之处，但它们在化学结构、染色效果和应用领域方面都存在差异。因此，在选择染料时，需要根据具体需要进行选择。