聚六亚甲基单胍和双胍是两种常用于治疗2型糖尿病的药物。虽然它们都属于双胍类药物，但在化学结构和药效上存在一些区别。

首先，聚六亚甲基单胍的化学结构比双胍更为复杂，它是由苯丙胺、氰酸、亚硝酸和亚甲基丙酮等多种化学物质反应而成。而双胍则是由双胍基团和不同的氨基酸衍生物组成。

其次，在药效方面，聚六亚甲基单胍和双胍也有不同的作用机制。聚六亚甲基单胍主要通过抑制肝脏中的糖原合成和促进肌肉组织对葡萄糖的摄取来降低血糖。而双胍则主要通过促进胰岛素敏感性，增强机体对葡萄糖的利用和降低肝脏糖原的释放来起到降糖作用。

此外，聚六亚甲基单胍和双胍在临床应用上也有一些区别。聚六亚甲基单胍常用于肝功能异常的患者，因为它不需要通过肝脏代谢而被排泄，对肝脏的负担较小。而双胍则不适合肝功能异常的患者使用。此外，聚六亚甲基单胍还具有减轻体重、改善血脂和降低血压等附加功效，而双胍则相对单一。

总的来说，虽然聚六亚甲基单胍和双胍都是治疗2型糖尿病的有效药物，但它们的化学结构、药效和临床应用上都存在一些区别。因此，在选择使用哪一种药物时，应根据患者的具体情况和需要进行综合考虑。