甲紫和亚甲蓝是两种常用的染料，它们的分子结构非常相似，但是它们在染色方面的使用有很大的区别。

首先，甲紫是一种深紫色的染料，它可以用于染色、染织和印染等方面。它的分子式为C25H30N3Cl，分子量为408.98。甲紫是一种含氮的有机化合物，它的分子中含有苯环和三氮杂苯环结构。甲紫具有高度的稳定性和显色性，可以用于天然纤维和合成纤维等不同种类的纤维染色。

而亚甲蓝则是一种蓝色的染料，其分子式为C16H18N3SCl，分子量为319.86。亚甲蓝同样是一种含氮的有机化合物，其分子中含有苯环和二氮杂苯环结构。亚甲蓝的染料性质相对较弱，所以一般用于生物医学领域的染色，如细胞核染色和蛋白质染色等。

此外，甲紫和亚甲蓝还有一些其他的区别。甲紫比亚甲蓝更加稳定，其染色效果更加持久，而亚甲蓝则相对不太稳定，容易受到氧化和光照的影响。此外，甲紫在医学领域也有广泛的应用，如用于组织切片染色、抗菌药物敏感试验等。

总之，甲紫和亚甲蓝虽然在分子结构上非常相似，但是它们在染色方面的使用具有很大的差别。对于不同的应用领域，选择适合的染料是非常重要的。