亚甲基蓝和亚甲蓝是两种不同的化学物质，尽管它们的名字很相似，但它们在化学结构和性质上有着明显的差异。

首先，亚甲基蓝是一种有机染料，其分子结构中包含有甲基基团和亚甲基基团。而亚甲蓝则是一种药物，其分子结构中只含有亚甲基基团。

其次，亚甲基蓝和亚甲蓝的用途也不同。亚甲基蓝主要用于生物学和医学领域中的染色实验，例如细胞染色、蛋白质染色等。而亚甲蓝则是一种治疗精神疾病的药物，常用于治疗抑郁症、焦虑症等疾病。

此外，亚甲基蓝和亚甲蓝的化学性质也存在差异。亚甲基蓝是一种弱碱性染料，可以在水溶液中溶解，但不能溶解在有机溶剂中。而亚甲蓝则是一种弱酸性化合物，可以在水和有机溶剂中都能溶解。

综上所述，虽然亚甲基蓝和亚甲蓝的名字很相似，但它们是两种不同的化学物质，有着明显的差异。在使用和处理时，需要严格区分，避免混淆和误用。