羟基乙酸亚甲蓝和亚甲基蓝是两种常见的染料，常用于生物学实验中的染色。虽然它们的名称相似，但是它们是两种不同的化合物。

羟基乙酸亚甲蓝是一种含有羟基乙酸基团的苯胺类染料，分子式为C16H18N3SNaO4。它的分子结构中含有一个羟基乙酸基团和一个亚甲基蓝基团。在pH值为4.2-5.8的情况下，羟基乙酸亚甲蓝的颜色为深蓝色。

而亚甲基蓝是一种含有亚甲基基团的苯胺类染料，分子式为C16H18N3SCl。它的分子结构中只含有一个亚甲基基团。在pH值为4.0-5.6的情况下，亚甲基蓝的颜色也是深蓝色。

因此，羟基乙酸亚甲蓝和亚甲基蓝虽然在颜色上相似，但是它们的分子结构不同，含有不同的基团，因此是两种不同的化合物。在实验中，需要根据不同的需要选择合适的染料使用。